Следующий роман о Чарли Паркере — «Темная Лощина» — вышел в 2000 году. Он был номинирован на премию «Barry Award» в номинации «Best British Crime Novel» в 2001 году. Третий роман — «Порода убийц» — был издан в 2001 году и снова получил номинацию «Best British Crime Novel» на премию «Barry Award». А вот следующему роману из цикла о Чарли Паркере —«Белая дорога», который был издан в 2002 году — наконец удалось победить в номинации «Best British Crime Novel» премии «Barry Award».
В 2003 году у Джона Коннолли был издан отдельный роман в жанре темного фэнтези — «Плохие люди». В 2004 году выходит сборник рассказов «Nocturnes», рассказ из этого сборника — «Miss Froom, Vampire» был номинирован на премию «CWA Short Story Dagger Award» в 2005 году. Кроме того, 2005 год ознаменовался публикацией пятого романа из цикла о Чарли Паркере — «Черный Ангел». Следующий роман автора — «The Book of Lost Things» — это история о сказках и о той власти, которой обладают книги над нашим миром и нашим воображением, был опубликован в сентябре 2006 года и номинировался на премию «Irish Novel of the Year» в 2007 году. За ним снова последовали романы о Паркере — «Unquiet» (2007) и «The Reapers» (2008).
На Западе готовятся несколько экранизаций работ Коннолли. Так в начале 2008 года начались съемки фильма по рассказу «The New Daughter» из сборника «Nocturnes». В главных ролях Кевин Костнер и Ивана Бакеро («Лабиринт Фавна»). «The Book of Lost Things» собирается экранизировать ирландский режиссер Джон Мур («Омен», «Полет Феникса»). «Sanctuary» — на основе романа «Плохие люди», а также «Some Children Wander By Mistake» — по мотивам одного из рассказов сборника «Nocturnes».
В настоящее время Джон Коннолли живет в Дублине, но по долгу службы ему часто приходиться бывать в США.

Charlie Parker series
• Every Dead Thing (1999)
• Dark Hollow (2000)
• The Killing Kind (2001)
• The White Road (2002)
• The Black Angel (2005)
• The Unquiet (2007)
• The Reapers (2008)
• The Lovers (2009)
• The Whisperers (2010)
• The Burning Soul (2011)
• The Wrath of Angels (2012)
Samuel Johnson series
• The Gates (2009)
• The Infernals (2011), published as Hell's Bells in the UK
• The Creeps (2013)
Other novels
• Bad Men (2003)
• The Wanderer in Unknown Realms(novella) (2013)
Short story collections
• Nocturnes (2004) - a collection of supernatural tales book-ended by two novellas
• The Bridal Bed (2004)
Short stories
• "Mr. Gray's Folly" (2005) - in Dangerous Women - an anthology of short stories from 17 crime writers. Edited by Otto Penzler.
• "The Cycle" (2005) - under the pseudonym Laura Froom (after the titular vampire in a story from Nocturnes) in Moments: Short Stories by Irish Women Writers in Aid of the Victims of the Tsunami. Edited by Ciara Considine.
Film adaptations
• The Book of Lost Things (2006) - under development by John Moore (director).

• Nominee: 1999 Bram Stoker Award (First Novel), for Every Dead Thing
• Nominee: 2000 Barry Award (Best British Crime Novel), for Every Dead Thing
• Winner: 2000 Shamus Award (Best First P.I. Novel), for Every Dead Thing
• Nominee: 2001 Barry Award (Best British Crime Novel), for Dark Hollow
• Nominee: 2002 Barry Award (Best British Crime Novel), for The Killing Kind
• Winner: 2003 Barry Award (Best British Crime Novel), for The White Road
• Nominee: 2005 CWA Short Story Dagger Award, for "Miss Froom, Vampire"
• Nominee: 2007 Huges & Huges Irish Novel of the Year, for The Book of Lost Things