На примере организации информации в компьютере. У меня все разбито по каталогам - это жесткая структура которая с одной стороны позволяет строго организовываться с другой же ограничивает часто не позволяя видеть общей картины. Простой пример:
(В КОРНЕ) Есть папка AUDIO - в которую включается папка BOOK (аудио книги).
(В КОРНЕ) Есть папка BOOK - в которую входят все текстовые КНИГИ.
Хотелось бы видеть Из папки BOOK и все аудио книги.
На диске они могут лежать как угодно, а в программе можно задать подчинение основной мысли(папке) BOOK
папку ..AUDIO\BOOK как мысль AUDIO (на самом деле - ссылка на AUDIO\BOOK)
И это все визуально отрабатывает как в хороших презентациях. т.е. наглядно.

Возможно пакетно перебрасывать папки в активную мысль-тему-папку (они станут дочерними).

Возможно создавать отдельные базы(brain) для отдельных обдумываемых тем (Ссылки на которые потом вставлять в ОСНОВНОЙ brain) (довольно быстро переключается).

Важной частью является возможность различных представлений организуемого brain.
Их три+:
-Стандартное (Возможность смотреть на окружение текущей мысли со всеми ее взаимосвязями)
-Структурированное (Возможность смотреть на иерархию-мыслей в привычном формате (слева на право))
-Развернутое (Возможность создать свое представление - в версии про их может быть много)
+К этому добавлена возможность - Развернуть-Свернуть (для соответственно "Более детального"- "Менее детального" представления)

Валидное описание системы:
https://href.li/?http://www.improvement.ru/zametki/thebrain/index.shtm